西南大学办学历史可以追溯到1906年建立的川东师范学堂，1936年更名为四川省立教育学院。
1950年四川省立教育学院与国立女子师范学院合并建立西南师范学院，农艺、园艺和农产制造等系与1946年创办的私立相辉学院等合并建立西南农学院。
1985年两校分别更名为西南师范大学、西南农业大学。
2000年重庆市轻工业职业大学并入西南师范大学；
2001年西南农业大学、四川畜牧兽医学院、中国农业科学院柑桔研究所合并组建为新的西南农业大学。
2005年西南师范大学、西南农业大学合并组建为西南大学。