齐鲁医药学院的办学历史可以追溯到经山东省人民政府批准于1995年10月创建的民办山东万杰医学院，由万杰集团有限责任公司投资。
1999年3月，成为山东省第一所具有学历教育资格的全日制民办高等学校。
2014年4月，获批成为“山东特色名校工程”立项建设单位。
2015年4月，经教育部批准，正式更名为齐鲁医药学院。