成都中医药大学的前身是1936年建校的四川国医学院。1954年，学校更名为成都中医进修学校；1956年，在成都中医进修学校的原址上，成都中医学院正式成立。

1978年，该校成为中国首批拥有中医药学博士、硕士学位授权点的院校。1985年，被四川省人民政府确定为省属重点高等学校；1995年，正式更名为“成都中医药大学”。

进入新世纪后，学校持续发展：2013年6月至2014年6月，先后两次入选四川2011计划；2021年8月，又成功入选第一批四川省非物质文化遗产保护传承基地名单。

李明富 1983年5月至1995年4月担任成都中医学院院长

李明富 1995年4月至2000年5月担任成都中医药大学校长

祝彼得 2000年5月至2005年6月担任成都中医药大学校长

范昕建 2005年6月至2013年12月担任成都中医药大学校长

梁繁荣 2013年12月至2016年11月任成都中医药大学校长

余曙光 2016年11月至2025年6月28日，任成都中医药大学校长

曾芳 2025年6月28日，任成都中医药大学校长

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