学校的历史可追溯至1906年创办的新疆师范学堂，1934年更名为省立迪化师范学校，1954年易名为乌鲁木齐第一师范学校，1978年升格为新疆教育学院。
2012年，新疆师范高等专科学校成立，与新疆教育学院采用“一套机构，两块牌子”的运作模式。
2017年11月，学校荣获第一届全国文明校园称号。
2022年4月，其申报的与昌吉学院联合培养应用型人才试点项目成功获批。
2024年1月17日，新疆师范高等专科学校（新疆教育学院）课程思政教学研究中心正式成立。

历任校(院)长：